Com a estrutura de uma Universidade, o Colégio de Aplicação Gissoni, que fica localizado nas dependências da UCB, visa à formação completa do aluno, baseando-se nos princípios da integridade e da solidariedade humana, formando cidadãos plenos e conscientes de seus direitos e deveres. O Colégio cria oportunidades para o desenvolvimento de capacidades intelectuais e habilidades instrumentais dos alunos, sem descuidar de oferecer vivências de caráter sócio–educativo e cultural que contribuem para a sua formação plena como o ser humano.
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Pensando em uma formação universal, visando à formação de cidadãos competentes, com bons conceitos e valores, o Ensino Médio no Colégio de Aplicação Gissoni é assim: muito além do tradicional e exaustivo preparo para o ingresso em uma universidade, o aluno também consegue entender a importância de colocar esse conhecimento em prática em prol da sociedade. Entre gincanas de arrecadação de doações para a caridade, visitas a instituições de auxílio a crianças, idosos e portadores de necessidades especiais, os jovens saem do ensino médio tendo criado vínculos estreitos com a filantropia, que é um dos pilares da instituição e um valor que carregarão consigo para sempre. Além disso, são incentivados à pratica do esporte, promovendo sua saúde e bem-estar, fazendo com que entendem os conceitos de disciplina, trabalho em equipe.
Os alunos e professores do Colégio Gissoni possuem à disposição toda a estrutura de laboratórios da Universidade Castelo Branco. Isso tanto para os curso do ensino médio-técnico, quanto para as disciplinas regulares.